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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已体现出大面积的微生物特异性，有抗肺部肿瘤和抵抗毒功能。一般，三萜是在甲羟戊酸路线聚合的，并从先天苔藓植物和真菌孢子中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上说出了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的的论述文。该的论述看到三萜类氧化物野生虫草酸（GA）是采用介质液体培养计划的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物生成所出现的。依据转录组和氨基酸质组学高技木进一次深入研究无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT所出现二者野生野生灵芝酸（GA）的新机制，并会根据多个学高技木加测到的差别人类基因和差别氨基酸，预测出DHT 菌物合成视频 GA 的经过。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和职能分类别

实现对无柄虫草真菌感染菌丝体实行转录组测序共实现67230个转录本和14295个单DNA。在这种单DNA中，496个被签别为的差异展示DNA（DEGs），当中213个展示调整，279个展示再降（图1A）。GO含有分折后，DEGs划分为微生物进程（BP）、生殖细胞膜含量（CC）和原子模块（MF）3类。在BP行业类型中，经常出现了前两个子行业类型：抗生素类分解成生殖细胞产生转化进程，醋酸钠盐生殖细胞产生转化进程和甲酸盐生殖细胞产生转化进程;而在CC行业类型中，生殖细胞膜外区、突触复合型体、突触组成是前两个亚类。而对于MF行业类型，甲酸脱氢酶（NAD）活力性酶类、空气氧化还原故宫场景酶活力性酶类和酸氨（或酰胺）链接酶活力性酶类是前两个亚行业类型（图1B）。在DEGs的KEGG环路分折中，前30条含有度极限的环路含有27条应属生殖细胞产生转化，当中甲烷气体生殖细胞产生转化、乙醛酸盐和二羧酸盐生殖细胞产生转化、丙酸盐生殖细胞产生转化电磁波环路偏态含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和系统总类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

凭借对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体做出核苷酸质组学了解，至少选择了16,457种多样肽、2606种核苷酸质和2588种一定量核苷酸质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰标准下，徘徊2606种核苷酸质中，94种被监定为之间的关系展示核苷酸（DEPs），里面52种上浮，42种下跌（图2A），图2C提示了之间的关系展示核苷酸的聚类算法了解热图。从GO了解去看，BP类属提示，通常数DEPs积极参与冰醋酸盐被分解的转换成流程中、抗生素类被分解的转换成被分解的转换成流程中和口服药物被分解的转换成被分解的转换成流程中。CC类DEPs在体癌组织外区、过腐蚀物酶体和微体中占有率很高，腐蚀恢复备份酶催化活性酶类和甲酸脱氢酶（NAD）催化活性酶类在MF类中DEPs的基数很高（图2B）。与转录组没想到类似，KEGG讯号环路了解提示，诸多DEPs在被分解的转换成中丰度，里面3条最丰度的路线是光合生物技术体中的碳固定的、碳被分解的转换成和MAPK讯号讯号环路（图2D）。除外，凭借了解GO参数库的CC对DEPs做出亚体癌组织精确定位了解和注脚（图2E），DEPs重点布局在体癌组织质（40.66%）、体癌组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），系统理论上是GAs生物技术体分解的重点定位。

图2|核营养物质组的定量进行分析进行分析和基本功能验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物图片转换和参考组待选DEGs和DEPs制作方法了维恩图，有20个差距展现dna（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组各有的DEGs/DEPs参与聚类介绍介绍，发现了mRNA和蛋清质两者有1五个调涨dna和五个上涨dna，DEGs和它译成的DEPs展现水准呈正关于，特征提取Pearson的关于数值介绍，在转录组和蛋清质组两者检测工具到相对应较高的关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）的检测报告单彰显，E组和C组1一个DEGs的展现爱品质不同差异性，各举9个为上涨DEGs，二个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现爱发展与转录成分析报告单不对。

图3|核蛋白质含量组的一定量分折和的功能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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